Au cours des quarante premières années du XXe siècle, la Congrégation connut une période de croissance extraordinaire. Malheureusement, à cette même période, les troubles politiques augmentaient en Allemagne, menant à la Seconde Guerre mondiale.
Les Sœurs en Allemagne furent les premières à être touchées par cette guerre car Hitler et le régime nazi fermèrent les écoles catholiques et limitèrent les œuvres du clergé et des congrégations religieuses.
La correspondance avec l’extérieur du pays étant censurée par le gouvernement nazi, les Sœurs envoyaient leurs communications par la Belgique.
En 1940, l’Allemagne occupa la Belgique et la quasi-totalité des communications fiables entre l’Allemagne et les États-Unis cessèrent.
Les lettres de la Maison-Mère à Aix-la-Chapelle qui parvenaient jusqu’aux États-Unis étaient souvent codées.
On y lisait parfois des phrases telles que « l’adoration de nuit dans le sous-sol », voulant signifier que les Sœurs avaient passé la nuit à l’abri des frappes aériennes.
Les États-Unis entrèrent officiellement en guerre en décembre 1941, après le bombardement de Pearl Harbor, aux îles Hawaï. Au début de 1942, la communication directe avec l’Allemagne fut interdite par le gouvernement des États-Unis. Les quelques communications que les Sœurs recevaient passaient par la Croix-Rouge ou les soldats américains, dont certains avaient connu les Sœurs aux États-Unis et reconnurent celles en Allemagne à leur habit. Elles essayèrent d’envoyer le plus de nouvelles possible à la famille aux États-Unis, qui envoyait, à son tour, un mot pour les Sœurs. Dans la province de St. Clare, aux États-Unis, des Sœurs furent entraînées à coordonner les urgences en cas d’alerte aérienne, et Sœur Marguerite Held enseigna aux cours de premiers soins certifiés de la Croix-Rouge. Les vivres, l’essence, les pneus et les matériaux de construction étant rationnés aux États-Unis, beaucoup de projets de construction ou réparation d’immeubles furent suspendus, et sœur Bibiana Yost, aide-cuisinière au couvent de St. Clare à Cincinnati, fut blessée en prenant le monte-charge. Les pièces pour le réparer ne furent pas disponibles pendant plusieurs mois. Un nouveau bâtiment pour le noviciat fut prévu dans la province de St. Anthony, aux États-Unis, mais il ne put être construit qu’après la guerre.
Les demandes d’aide aux pauvres continuèrent pendant la guerre, même si, à cause de l’absence totale de communication directe avec l’Allemagne, la mère générale Rufina Thelen ne pouvait pas donner son autorisation pour l’ouverture de nouvelles fondations. Par l’intercession de l’archevêque de Cincinnati, Mgr John T. McNicholas, le couvent St. Raphael fut ouvert comme centre de services sociaux, à Hamilton (Ohio) en 1942.
L’immeuble était l’ancienne maison de la famille Schroeder. En janvier 1943, la Sacrée Congrégation des Religieux reporta le Chapitre général jusqu’à la fin du conflit.
Durant toute la durée de la guerre, les Sœurs aux États-Unis suivirent les nouvelles du conflit en Europe.
Elles savaient qu’Aix-la-Chapelle et de nombreuses autres villes étaient sans cesse attaquées, mais elles ne savaient pas si les Sœurs en Allemagne étaient en sécurité.
Malheureusement au moins 30 sœurs décédèrent des blessures subies lors des bombardements, et beaucoup d’autres sont tombées malades ou sont mortes à cause du manque de nourriture, des évacuations constantes et des maladies qui sévissaient en Allemagne. Seuls six maisons en Europe furent épargnées aux dégâts provoqués par la guerre, alors que vingt autres furent totalement détruites.
Quand Aix-la-Chapelle fut libérée par les forces alliées, il ne restait que trois sœurs dans la Maison-Mère. Les autres avaient évacué la ville, avec la plupart des habitants, de leur gré, puis de force. Malheureusement, au cours de cette période, Mère Rufina Thelen mourut, le 17 mars 1944. Les sœurs aux États-Unis n’apprirent sa mort que le 8 septembre. Elles supposèrent que la première conseillère, Sœur Siegfrieda Beule, allait remplir la fonction de Vicaire générale, mais elles apprirent, le 30 septembre, que juste avant sa mort, Mère Rufina avait nommé pour cette charge Sœur Maria Victoria von Brentano.
La fin de la guerre en 1945 apporta beaucoup de joie mais aussi beaucoup de chagrin, car c’est à ce moment-là que les Sœurs aux États-Unis apprirent toutes les souffrances que les Sœurs avaient subi en Allemagne et en Belgique.
