As primeiras quatro décadas do Século XX constituíram uma época de grande crescimento em número de Irmãs para a Congregação. Infelizmente uma catastrófica instabilidade política também ocorreu na Alemanha no decorrer daqueles anos, levando à II Guerra Mundial, e vitimando tantas delas.
As Irmãs na Alemanha foram as primeiras a serem afetadas pelo regime nazista de Adolf Hitler que fechou as escolas católicas e restringiu as obras da Igreja e das congregações religiosas. Toda correspondência para fora da Alemanha passou a ser censurada pelo governo nazista . Por isso, as Irmãs tiveram de mandar suas comunicações às Irmãs dos Estados Unidos através das Irmãs da Bélgica.
Mas a partir de 1940, quando Hitler invadiu e ocupou a Bélgica, as comunicações confiáveis entre a Alemanha e os Estados Unidos cessaram quase que completamente.
As cartas da Casa Mãe em Aachen que chegavam aos Estados Unidos eram codificadas. Às vezes, se referiam à “adoração da noite no subsolo”, dando a entender que as Irmãs tinham passado a noite no porão para se proteger dos bombardeios aéreos.
Os Estados Unidos entraram oficialmente na guerra em dezembro de 1941, após o ataque japonês à base norte-americana de Pearl Harbor, no Havaí.
No início de 1942, toda comunicação direta dos Estados Unidos para a Alemanha foi proibida pelo governo dos Estados Unidos. As raras mensagens que as Irmãs recebiam nos Estados Unidos chegavam através de agentes da Cruz Vermelha ou dos soldados norte-americanos destacados na Europa. Alguns destes, que tinham visto as Irmãs nos Estados Unidos, reconheceram as da Alemanha pelo hábito. Ao enviar notícias aos seus familiares procuravam incluir recados que suas famílias transmitiam às Irmãs nos Estados Unidos
As Irmãs tinham planejado erigir uma nova Casa do Noviciado na Província de Santo Antônio, na costa leste dos Estados Unidos, mas a escassez de meios não permitiu que fosse construída durante a guerra. Algumas Irmãs da Provícia de Santa Clara, no centro-oeste, foram treinadas como Vigilantes de Bombardeios Aéreos para ensinar a população civil a se proteger em caso de ataque. Irmã Marguerite Held, que era enfermeira, deu aulas de primeiros socorros certificadas pela Cruz Vermelha.
Alimentos, gasolina, pneumáticos e materiais de construção estavam sendo racionados nos Estados Unidos e consequentemente muitos projetos de construção e reforma tiveram que ser suspendidos. Como tinham sido suspensos muitos reparos nas casas da Congregação, não foram poucos os danos decorrentes. Irmã Bibiana Yost, por exemplo, que era assistente de cozinheira do Convento Santa Clara, em Cincinnati, sofreu lesões por ter precisado usar o elevador de cargas porque as peças necessárias para consertar o elevador social não puderam ser encontradas por muitos meses. Havia sido planejada a construção de uma nova casa do Noviciado na Província de Santo Antônio, nos Estados Unidos, mas precisou ser adiada para depois do final da guerra.
Pedidos de ajuda aos pobres continuaram chegando durante a guerra, apesar do fato que a completa falta de comunicações diretas com a Alemanha impedia Madre Rufina Thelen, a Superiora Geral, de dar sua permissão para a abertura de novas fundações. A pedido do Arcebispo de Cincinnati, John T. McNicholas, o Convento São Rafael abriu um serviço de assistência social em Hamilton, Ohio, em 1942. Ficava no prédio do antigo lar da Família Schroder. Em janeiro de 1943 a Sagrada Congregação dos Religiosos adiou o sucessivo Capítulo Geral até o fim da guerra.
Durante a guerra, as Irmãs nos Estados Unidos acompanhavam as notícias da Europa pelo rádio, com muita preocupação. Estavam cientes de que Aachen e muitas outras cidades alemãs onde a Congregação servia estavam frequentemente sob ataques aéreos, mas não tinham como saber se as Irmãs estavam em segurança. Infelizmente, ao menos 30 Irmãs morreram dos ferimentos causados pelos bombardeios. Muitas outras adoeceram e faleceram devido à falta de comida, às epidemias, e às constantes evacuações em busca de um lugar seguro. Apenas seis das numerosas casas da Congregação na Europa escaparam aos danos das bombas durante a guerra. Vinte foram totalmente destruídas.
No momento em que Aachen foi libertada pelas forças aliadas, apenas três Irmãs permaneciam na Casa Mãe. As restantes, juntamente com a maioria dos moradores da cidade, tinham evacuado voluntariamente, no início da guerra, tendo as restantes mais tarde sido evacuadas à força para outras cidades.
Infelizmente foi nesse duro período que a Superiora Geral, Madre Rufina Thelen, adoeceu e faleceu no dia 17 de março de 1944, em Aachen. A situação era tal que as Irmãs missionadas nos Estados Unidos não ficaram sabendo da sua morte até o dia 8 de setembro. Presumiram então que a Primeira Conselheira, Irmã Siegfrieda Beule, tivesse assumido o cargo de Superiora Geral, mas somente no dia 30 de setembro souberam que Madre Rufina, pouco antes de morrer, havia nomeado Irmã Maria Victoria von Brentano para liderar a Congregação.
O fim da guerra, em 1945, trouxe muita alegria, mas também muita tristeza para as Irmãs que serviam nos Estados Unidos, depois que finalmente ficaram sabendo de todos os grandes sofrimentos pelos quais as Irmãs na Alemanha e na Bélgica tinham passado.
