Logo após sua eleição, em 1958, o Papa João XXIII apelou aos católicos de todo o mundo e às ordens religiosas, destacando as necessidades espirituais e físicas dos povos da América Latina.
Prontamente, as Irmãs Franciscanas dos Pobres responderam a esse chamado. Em 1960, Pe. Dominic Coscia, OFM, um franciscano norte-americano missionado no Brasil, escreveu a Madre Tarsicia Marie Fries sobre a necessidades da sua missão franciscana na cidade de Pires do Rio, Goiás, e seu desejo de que nossas Irmãs se dispusessem a servir naquela diocese. Em setembro daquele ano, Madre Tarsicia Marie, Irmã Marie Victoria Beck, e as Provinciais SFP, Irmã Mary Helen Beeler e Irmã M. Bathildis Becker chegaram ao Brasil para explorar a possível abertura de uma nova missão em Goiás.
No dia 20 de setembro, Pe. Benedito levou as quatro Irmãs para visitar os bairros pobres de Pires do Rio. Certa manhã, uma das Irmãs perguntou casualmente ao padre se tinha dormido bem. E ele respondeu: “Não… passei a noite toda preocupado pensando que a Reverenda Madre não irá enviar suas Irmãs para cá.” Quando soube disso, Madre Tarsicia decidiu usar a a permissão concedida pelo Conselho Geral em Roma: a Superiora, tendo consultado duas Provinciais, podia tomar uma decisão. E elas decidiram, por unanimidade, que Deus queria que as Irmãs Franciscanas dos Pobres trabalhassem em Pires do Rio, desde que as atividades da missão fossem compatíveis com os serviços característicos da nossa Congregação e consistentes com o carisma de Madre Francisca Schervier. Pe. Benedito parecia ter ficado chocado com esta pronta notícia, mas disse, logo em seguida: “Ah, Madre, como eu lhe agradeço! Deixe-me ir para a capela imediatamente.” Ajoelhado, ele rezou: “Querido Jesus, como eu te agradeço! Ah, estou tão feliz!”
Madre Tarsicia pediu voluntárias entre as Irmãs de votos permanentes que estivessem dispostas a servir no Brasil. Das 128 Irmãs que se ofereceram, 5 foram escolhidas:
Irmã M. Kunigunde Hellman (conhecida no Brasil como Ir. Elisabete)
Irmã M. Consuelo Salazar
Irmã M. Clare Elise Quigley
Irmã M. Dietfrieda Moeckel (conhecida no Brasil como Ir. M. Benedita)
Irmã Margie Ferri (então Anthony Marie, conhecida no Brasil como Ir. Antônia).
A nova fundação no Brasil foi colocada diretamente sob a jurisdição da Casa Geral, em Roma, e Irmã M. Elisabete foi nomeada Superiora local.
A missão em Pires do Rio foi oficialmente inaugurada no dia 2 de março de 1961.
Os primeiros ministérios eram a creche “Nossa Senhora dos Anjos” a cozinha da sopa dos pobres “Santo Antônio”, e uma clínica. As Irmãs também acompanhavam os padres franciscanos em suas missões remotas na vasta diocese.
No dia 14 de setembro de 1961, Irmã M. Clare Elise precisou retornar aos Estados Unidos para fazer um tratamento médico. Em novembro, chegou um segundo grupo de Irmãs: Bernice Uhlenhake, Madeline Marie Hill (conhecida no Brasil como Irmã Madalena), e MariaAssunta Galope.
No início de 1962 quatro mulheres entraram como as primeiras Postulantes brasileiras: Maria Pereira (Irmã Maria Goretti), Maria Silva (Irmã Maristella), Genova Martins (Irmã Maria Cristina) e Geni Maria Batista (Irmã Maria Bernadete). Irmã M. Consuelo foi nomeada Mestra das Noviças e Postulantes. Elas receberam o hábito religioso da Congregação no dia 8 de dezembro de 1962.
Il No dia 12 de dezembro de 1961, Pe. Dominic foi instalado como o primeiro Bispo de Jataí, tomando o nome de Dom Benedito Coscia (logo depois, ele participou das Sessões do Concílio Vaticano II). Ele pediu às Irmãs para abrirem uma creche para as crianças de Jataí. Em 1962, as Irmãs Bernice e Madalena Maria, recém-chegadas em Jataí, inauguraram o Lar e Creche João XXIII.
Em dezembro, as Irmãs Adelaide Link (então Mary Michael, conhecida no Brasil como Irmã Maria Miguel) e Irmã Maria Assunta se juntaram a elas.
Tendo aberto a segunda casa da Congregação, o Brasil foi estabelecedido como Território de missão. Irmã M. Elisabete foi nomeada a primeira Superiora e as Irmãs M. Bernice e Antônia foram nomeadas ajudantes de Irmã M. Elisabete.
O Lar Vicentino em Ipameri, Goiás, nossa terceira casa no Brasil, inaugurou-se no dia 25 de outubro de 1964. As Irmãs Mary David Mulroy (conhecida no Brasil como Irmã Davi), Gemma Marie e M. Benedita foram missionadas para a nova casa. Elas passaram a gerir a Creche São Francisco servindo as crianças e o Lar das Idosas, um asilo para mulheres com deficiência. As Irmãs Mary Maloney (então chamada Mary Kevin) e Rita Kruthaupt (então chamada Rose Agnes) mais tarde se juntaram a essa comunidade. Em 1969, estas duas Irmãs se mudaram para uma casa da comunidade no bairro Boa Vista, onde viviam as famílias de muitas das crianças que frequentavam a creche.
Em 1964, duas propriedades foram adquiridas em Goiânia. Uma delas, uma chácara, foi identificada como juniorato e, no dia 25 de março de 1965 foi oficialmente inaugurado o Juniorato São Francisco. No dia 6 de janeiro de 1966 as Junioristas se mudaram para essa nova casa, que foi fechada em 1968, devido ao pequeno número de Irmãs professas temporárias. Em 1969, o ex-Juniorato em Goiânia foi reaberto como Casa Administrativa do Território de missão.
Em 1968, Dom Gilberto Pereira Lopes, o primeiro bispo de Ipamerí, pediu a Irmã Madalena Marie para servir como Co-Coordenadora da Caritas Diocesana, um ministério que ela abraçou até 1975, quando voltou aos Estados Unidos para concluir seus estudos. Mas ela retornou ao Brasil em 1979, depois de obter sua classificação internacional para a prática de enfermagem. A pedido do novo Bispo, Dom Antônio Ribeiro de Oliveira, ela foi missionada em Campo Alegre, onde serviu como assistente pastoral e ministrou às necessidades espirituais e físicas da paróquia. Em fevereiro de 1983, as Irmãs Madalena Marie e Lúcia Borges foram missionadas na cidade de Cristalina, Goiás, por três anos, para trabalhar em uma paróquia e administrar a creche “Cirandinha”. Em novembro de 1983, a Congregação abriu uma missão em Carambeí, no Paraná, nossa primeira missão no Brasil fora do estado de Goiás. O convite havia chegado através do Pe. Theodoro Kopp, um ex-Irmão dos Pobres de São Francisco, que era pároco da igreja local, para irem trabalhar na sua paróquia. Irmãs Daniela Marie, Bernadete Batista e Mary David se ofereceram para servir na nova missão. Elas foram viver e trabalhar em Vila Boqueirão, onde havia uma creche, uma clínica e uma pequena igreja de missão. As Irmãs logo se envolveram no ensino religioso e em atividades pastorais. Essa missão continuou ativa até 1989.
Em 1993, Irmã Maria Lúcia Barbosa de Oliveira mudou-se para o Estado de Mato Grosso, com o objetivo de conviver e ministrar entre o povos indígenas Karajá e Tapirapé. Ela permaneceu na Prelazia de S. Felix do Araguaia do Bispo Dom Pedro Casaldáliga até 2002, quando retornou a Pires do Rio. Ao longo dos anos, as Irmãs se empenharam em atividades educativas, especialmente de crianças e em serviços aos pobres, continuando a difundir naquele esplêndido país, o carisma de Madre Francisca.