Antes de 1971, hospitais, centros de assistência social e outras instituições de saúde das Irmãs Franciscanas dos Pobres nos Estados Unidos eram corporações individuais com personalidades jurídicas distintas entre si. Cada uma prestava relatório à liderança da Província de Santa Clara (no Centro Oeste) ou à Província de Santo Antônio (na Costa Leste). Eram os próprios membros de cada corporação que nomeavam o conselho de fiduciários do seu respectivo hospital ou centro de assistência social.
O Capítulo Geral de 1971 instituiu uma nova estrutura de governo centralizado para toda a Congregação, inclusive as instalações de atendimento de saúde. As Províncias dos Estados Unidos foram suspensas. As Irmãs e as instituições passaram a prestar relatório diretamente à Liderança Congregacional. Os ativos de cada Província, inclusive os hospitais, foram transferidos para a pessoa jurídica instituída como Franciscan Sisters of the Poor Corporation, registrada em Brooklyn, NY. Todas as instalações permaneceram individualmente incorporadas mas, a partir de 1971, passaram a ser representadas pela Liderança Congregacional, a qual nomeava o conselho administrativo de cada instituição.
Os membros do Capítulo Geral de 1974 solicitaram que se fizesse um estudo das instituições de saúde e dos centros de assistência social da Congregação. Foi então criada a Comissão de Obras Apostólicas com o objetivo de avaliar a missão de cura da Congregação. Em 1977, essa Comissão, composta por 7 Irmãs e uma consultora, completou a Pesquisa sobre os Serviços de Saúde das Irmãs Franciscanas dos Pobres. A partir dos resultados dessa pesquisa, a Congregação renovou o seu compromisso de patrocinar suas instituições de saúde.
A Comissão de Obras Apostólicas indicou também a necessidade de partilhar e compatibilizar o carisma das Irmãs e da Congregação com a declaração de missão de cada uma das instituições. Várias Irmãs foram nomeadas “Comissárias da Identidade Única”. Essas Comissárias eram Irmãs, administradores/as e membros do conselho das diversas instalações que se reuniram para integrar as declarações de missão de cada uma das instituições com a missão da Congregação. Essa nova colaboração foi vista como uma forma de desenvolver e renovar a visão franciscana do ministério de cura e promoção da saúde, dando uma expressão criativa local à visão geral nas instituições SFP, e propondo a visão das Irmãs sobre as políticas de desenvolvimento no seio da Igreja e das comunidades cívicas envolvidas.
O programa das Comissárias identificou várias metas, inclusive a promoção da identidade católica e franciscana das instituições, bem como aumentar a cooperação entre cada instituição e a Liderança Congregacional. Consequentemente, em 1980, foi criado o Movimento das Irmãs Franciscanas dos Pobres para implementar essas metas. No dia 28 de outubro de 1983, esse Movimento foi incorporado como pessoa jurídica chamada Health System, Inc. (HSI – Sistema de Saúde das Irmãs Franciscanas dos Pobres). De acordo com esse novo Sistema de Saúde, cada instituição patrocinada pelas Irmãs passou a ser conectada a todas as outras mediante uma Declaração de Missão formalizada. No entanto, em 1987, o HSI precisou ser reestruturado, tornando-se uma organização de cuidados de saúde mais unificada e melhor integrada, governada por uma secretaria nacional. Em 1997, o HSI foi renomeado Franciscan Health Partnership (FHP – Parceria Franciscana de Saúde), uma organização que chegou a ser classificada como o quinto maior sistema católico de saúde nos Estados Unidos, atendendo anualmente mais de 800.000 pacientes internados.
Após o estabelecimento de um movimento centralizado de atenção à saúde, a Congregação reconheceu também a necessidade de estabelecer um sistema centralizado de captação de recursos. Durante a Assembleia Congregacional de 1981, a então Ministra Congregacional, Ir. Marilyn Fischer, apresentou uma revisão da história da captação de recursos da Congregação. A partir dos resultados obtidos, foi formado o Comitê de Captação de Fundos, composto de líderes de negócios da área de Nova York. Em 1984, foi formalmente criada a Fundação das Irmãs Franciscanas das Pobres para arrecadar fundos junto a pessoas físicas, fundações e corporações comprometidas em dar continuidade aos programas do HSI e da Congregação conforme a sua missão.
A partir de setembro de 1987 a Fundação passou a organizar anualmente um evento de captação de recursos intitulado Jogos Franciscanos. Esse foi o primeiro evento a nível nacional promovido pelo recentemente reestruturado HSI. O então Governador do Estado de Nova York, Mario Cuomo, e o lendário jogador de beisebol Joe DiMaggio foram os Co-Presidentes Honorários Nacionais daquele ano. Sucessivamente, todos os anos, os funcionários e administradores das instalações do HSI, Irmãs e celebridades se reuniam em Nova York para passar um fim de semana de entrosamento, e angariação de fundos em meio a competições esportivas e eventos, enquanto celebravam o ministério de cura da Congregação.
Em meados da década de 1990, os hospitais da Congregação estavam lutando para permanecer financeiramente viáveis devido ao aumento das regulamentações governamentais e às baixas taxas de reembolso da seguridade de saúde nacional. A Congregação procurou aumentar o seu poder de barganha com as companhias de seguros entrando em parceria com as maiores organizações católicas de saúde do país. Infelizmente, esse esforço não foi suficiente e, depois de muito discernimento orante, em setembro de 1998, a Congregação decidiu desvincular-se da Parceria Franciscana de Saúde. Todas as instalações passaram a fazer parte de uma organização maior, a Catholic Healthcare Partners (Parceria Católica de Saúde, atatualmente conhecida como Mercy Health, ou Bon Secours Health System, enquanto que o St. Elizabeth Hospital em Dayton, Ohio, precisou ser fechado. Muitas Irmãs Franciscanas dos Pobres continuaram a servir nas instalações alienadas, enquanto outras decidiram explorar novas maneiras de expressar o ministério de cura, um empenho que continuam explorando até os dias de hoje.
Após o desinvestimento dos ministérios de saúde da Congregação, o foco principal da Fundação SFP passou a ser o de apoiar os ministérios das Irmãs já existentes e desenvolver novos programas e ministérios congregacionais. A Fundação das Irmãs Franciscanas das Pobres continua a ser uma importante fonte de financiamento e aconselhamento para os ministérios da Congregação ao redor do mundo. Sua missão é gerar recursos financeiros essenciais para sustentar as instituições geridas pelas Irmãs e seus numerosos programas. Esses programas visam combater a pobreza e a fome, promover a saúde e a capacitação das mulheres, e a educação e orientação espiritual para pessoas marginalizadas de todos os credos. Os programas e serviços patrocinados são atuantes em cinco países, nos cinco continentes onde a Congregação está servindo: Brasil, Itália, Senegal, Estados Unidos e Filipinas. A Fundação SFP se empenha em gerar recursos que permitam às Irmãs esclarecer a sua visão, desenvolver a sua missão e realizar seus sonhos de um mundo melhor. Cem por cento dos fundos arrecadados pela Fundação são enviados diretamente aos programas geridos pelas Irmãs.